Руководство пользователя системы FlyDoc содержит описание основных элементов интерфейса системы с комментариями, описание логики работы системы для пользователя, словарь терминов и определений.
Текст данного руководства может не содержать описания нововведений, реализованных в последних версиях FlyDoc, а также описания подсистем, разработанных на заказ.