Группы пользователей в системе FlyDoc используются аналогично обыкновенным пользователям. Группы предназначены для обезличивания рабочего процесса и облегчения работы вновь принятых сотрудников, для упрощения выдачи прав доступа нескольким сотрудникам в соответствии с организационной политикой компании, а также для удобной передачи дел ушедших в отпуск сотрудников. В группу может входить любое количество пользователей. Группы редактируются администратором системы.